Las elecciones en Chiapas se llevaron a cabo el pasado domingo 20 de agosto de 2006, y en ellas fue renovado el titular del siguiente cargo de elección popular:

• Gobernador de Chiapas. Titular del Poder Ejecutivo del estado, electo para un periodo de seis años no reelegibles en ningún caso. El candidato electo fue Juan Sabines Guerrero.

Ocho partidos políticos con registro en Chiapas estuvieron en posibilidades de participar en las elecciones en Chiapas. Al cierre del Programa de Resultados Electorales Preliminares (PREP) la diferencia a favor de Juan Sabines Guerrero sobre José Antonio Aguilar Bodegas era de 0.22%, registrándose un porcentaje de 48.39% para Sabines y de 48.17% para Aguilar Bodegas, ambos se han declarado ganadores en base a cifras propias, Aguilar Bodegas anunció que impugnaría las elecciones en Chiapas y Sabines se ha manifestó dispuesto a un recuento de votos.

El total de votos emitidos fue 1,177,710. Los votos nulos fueron 36,570 y por candidatos no registrados 1,519.

En estas Elecciones en Chiapas, fue la primera vez en México que las actas de escrutinio y cómputo de cada una de las casillas fue digitalizada y publicada directamente en el Internet para consulta del público en general, lo que contribuyó que a pesar que de la tan pequeña diferencia entre ambos candidatos el pueblo chiapaneco no durará de la legitimidad del proceso electoral.

La empresa encargada de implementar el Programa de Resultados Electorales Preliminares (PREP) fue Dsi Elecciones S.A. de C.V., empresa líder en su ramo en la República Mexicana y con más de 30 procesos electorales de experiencia, que se vio reflejada en esta elección.